Il versante Pacifico è caratterizzato da acque calde (27-29º C) e calme, reef estremamente ricchi e diversi, grandi colonie di corallo duro. Ricchi banchi di pesce pattugliano il reef soprattutto nei canali tra le isole, dove quando si alza anche la corrente di marea specialmente nei mesi da giugno a settembre l'intensità della corrente può essere notevole. Il versante dell’Oceano Indiano è invece caratterizzato da acque più fredde (24-25º C) e onde formate. Il reef negli strati più superficiali è ricco di coralli molli e di forme dure incrostanti.
Nelle acque più torbide è comune l'incontro con pesci pelagici come squali, mante o il raro pesce luna. I reef del versante settentrionale di Komodo e delle isole minori appaiono ricchi di grandi formazioni di acropore a forma tabulare e un'infinità di pesci di barriera. La parte più profonda è dominata da gorgonie, coralli neri e grandi spugne.
